В ЦМТР разработаны организационно-административные, методологические технологии, а так же меры информационной, правовой, психологической поддержки позволяющие оказывать комплексные программы реабилитации с высоким уровнем эффективности.
В центре проводится реабилитация по специальным комплексным программам, для каждой из которых разработан специальный протокол.
В программах особое внимание уделяется управлению положением ребенка при помощи технических средств реабилитации и информационным технологиям для родителей.
Порядок проведения программ — непрерывное, последовательное и преемственное оказание воздействий, формирующих комплексный набор (пакет) медико-психологических, педагогических и социальных услуг, обязательных к выполнению.
Реабилитация в программах сфокусирована на исправлении и предотвращении формирования осложнений костно-мышечной системы, которая в свою очередь способствует правильному физиологическому развитию всех внутренних органов и систем; психическому и социальному развитию.